ΦΥΣ 415 - Βιοφυσική

Περιεχόμενα

Περιγραφή των διαφόρων κατηγορίων βιομορίων.
Ενδομοριακές και διαμοριακές αλληλεπιδράσεις. Ο ρόλος του νερού.
Ta 20 φυσικά αμινοξέα και οι φυσικοχημικές τους ιδιότητες. Πρωτοταγής, δευτεροταγής, τριτοταγής και τεταρτοταγής δομή πρωτεϊνών.
Θερμοδυναμική πρωτεϊνών: Πρωτεϊνική αναδίπλωση. Σημασία του ετεροπολυμερικού χαρακτήρα στη σταθεροποίηση της πρωτεϊνικής δομής. Το μοντέλο τυχαίων ενεργειών (Random Energy Model). Η μετάβαση έλικας-τυχαίου σπειρώματος.
Παραδείγματα της δράσης πρωτεϊνών.
Περιγραφή της δομής και λειτουργίας της αιμοσφαιρίνης. Μοντέλα αλλοστερικότητας.
Μοριακά πρότυπα (μοντέλα). Τυπικές Χαμιλτονιανές που χρησιμοποιούνται στην υπολογιστική αναπαράσταση βιομορίων.
Κανονικοί τρόποι ταλάντωσης.
Βιομοριακές προσομοιώσεις Μοριακής Δυναμικής.
Μοντέλα έμμεσου διαλύτη: H αναπαράσταση βιομορίων σαν συνεχή διηλεκτρικά. Υπολογισμοί Poisson-Boltzmann. Η γενικευμένη αναπαράσταση Born.
Υπολογισμοί Μοριακής Δυναμικής ελεύθερης ενέργειας: Οι μέθοδοι θερμοδυναμικής ολοκλήρωσης και θερμοδυναμικών διαταραχών. Εφαρμογή των διαφόρων μεθόδων σε υπολογισμούς μεταβολής ελεύθερης ενέργειας σε βιομόρια.

ΑΞΙΟΛΟΓΗΣΗ ΦΟΙΤΗΤΗ

Κατ΄ οίκον εργασίες (20%). Μία ενδιάμεση εξέταση (40%). Τελική εξέταση (40%)

ΠΕΡΙΓΡΑΦΗ

Βιβλιογραφία

Philip Nelson. Biological Physics. Freeman.
Meyer Jackson. Molecular and Cellular Biophysics. Cambridge University Press.
John Kuriyan. The Molecules of Life. Garland Science.
Ivet Bahar, Robert Jernigan, Ken Dill. Protein actions: Principles and Modeling.
Rob Philips, Jane Kondev, Julie Theriot and Niger Orme. Physical Biology of the Cell. Garland Science.
Alasdair Steven, Wolfgang Baumeister, Louise Johnson, Richard Perham. Molecular Biology of Assemblies and Machines.